Do głównych zadań Apteki Szpitalnej należy:

• Organizowanie zaopatrzenia szpitala w produkty lecznicze i wyroby medyczne oraz ścisła współpraca z Działem Zamówień Publicznych,
• Wydawanie produktów leczniczych i wyrobów medycznych,
• Sporządzanie leków recepturowych, w tym jałowych,
• Sporządzanie leków aptecznych,
• Udział w monitorowaniu działań niepożądanych leków,
• Udział w racjonalizacji farmakoterapii / współtworzenie receptariusza szpitalnego i receptariusza antybiotykowego - ewidencja wniosków na antybiotyki III rzutu/,
• Współpraca z Zespołem ds. Zakażeń Szpitalnych - dobór właściwych środków dezynfekcyjnych. Zgłaszanie incydentów medycznych związanych z używaniem wyrobów medycznych,
• Ustalanie procedur związanych z produktami leczniczymi i wyrobami medycznymi na terenie szpitala,
• Ewidencja leków pochodzących z darów oraz próbek do badań klinicznych,
• Udział w badaniach klinicznych na terenie szpitala.

W przeszłości na terenie apteki istniała Pracownia Koncentratów do Dializ. W latach 1989-1998 na bazie apteki została utworzona Wytwórnia Płynów Infuzyjnych, która zaopatrywała oddziały szpitalne w podstawowe płyny infuzyjne.
Względy ekonomiczne i przemiany na rynku farmaceutycznym zdecydowały o zaprzestaniu tego rodzaju działalności.

W ramach apteki szpitalnej funkcjonuje pracownia przygotowania leków cytostatycznych dla pacjentów onkologicznych.